Il protagonista, Mark Evans, frequenta la scuola media Raimon Junior High (la parola Raimon significa "cancello del fulmine" ed è scritta 雷門), dove vorrebbe fondare un club di calcio. All'inizio i membri sono solo sette (Jack, Tod, Kevin, Timmy, Sam, Steve e lo stesso Mark, che è il portiere e anche il capitano della squadra) ma Mark non si arrende e riesce a creare una squadra composta da tutti gli 11 calciatori: si aggiungono Nathan, Jim, Max e Willy. Tuttavia Nelly, la figlia del preside, odia la squadra e quindi organizza un'amichevole contro la temibile Royal Academy in cui gioca Jude Sharp, dicendo che se non avessero vinto, lei avrebbe disfatto la squadra ma se al contrario fossero risultati i vincitori, li avrebbe fatti gareggiare nel Football Frontier, il torneo calcistico giovanile più importante del Giappone. Il Football Frontier è diviso in due parti: le qualificazioni regionali e le fasi finali, in cui gareggiano le più forti squadre del Paese. All'inizio la Raimon non è molto forte, ma durante l'amichevole con la Royal Academy Axel Blaze (soprannominato "il bomber di fuoco"), si unisce alla Raimon per cercare di evitare la disastrosa sconfitta, ed infatti segna appena entra in campo. A quel punto i giocatori della Royal Academy abbandona la partita perché hanno individuato in Axel un futuro giocatore della loro squadra e appena l'hanno visto giocare non è servita loro un'altra dimostrazione. Dopo alcune peripezie, Mark riesce a convincere Axel ad unirsi alla Raimon poco prima dell'inizio del Football Frontier, che prevede qualificazioni regionali e poi un torneo nazionale. La prima partita delle regionali è contro la Occult Junior High. All'inizio la Occult sembra avere la meglio grazie ad una tecnica chiamata Blocco Invisibile, ma Axel capisce come superarla e porta la sua squadra alla vittoria. Nel secondo turno delle regionali la Raimon dovrà giocare con una squadra di selvaggi: la Wild Junior High, i cui giocatori assomigliano ad animali. Grazie alla nuova tecnica, il Trampolino Inazuma di Axel e Jack, la Raimon passa al terzo turno dove deve affrontare una squadra di cervelloni che gioca seguendo le statistiche indicate ai giocatori da un computer, la Braiwashing Junior High. Per colpa dei trucchi usati dalla Braiwashing la Raimon sembra destinata a perdere, ma i giocatori non si arrendono e riescono a ribaltare il risultato. La Raimon adesso deve affrontare la Otaku Junior High, una squadra composta da giocatori poco forti che ha superato i primi tre turni imbrogliando (quando la squadra avversaria tira, i difensori usano una tecnica che alza un gran polverone e in questo modo il portiere ha il tempo di spostare la porta), ma la Raimon non lo sa, e lo scopre durante il corso della partita grazie all'intuizione di Willy, che lo dimostra anche mostrando con un trucco cosa succede in realtà. Con questa informazione la Raimon vince la partita e approda alla finale delle regionali dove deve affrontare la temibilissima Royal Academy. Tutti i giocatori della Raimon tranne il capitano Mark sono preoccupatissimi per due motivi: il primo è che la Royal vince il Football Frontier da quarant'anni consecutivi e il secondo che nell'amichevole prima del Football Frontier avevano perso 20-1. Tuttavia durante la partita sia la Raimon che la Royal capiscono che la squadra di Mark durante il Football Frontier è cresciuta molto e riesce quindi a competere con la Royal. Proprio per questo, Ray Dark, l'allenatore della Royal, che è un assassino, fa cadere delle travi dal soffitto per uccidere i giocatori della Raimon, rischiando però di colpire anche i suoi. La Royal non se lo aspettava e per questo fa vincere la Raimon che passa alle fasi finali del Football Frontier. La Royal, comunque, dato che ha vinto l'edizione precedente, passa di diritto alle fasi finali. La Raimon dovrà misurarsi con la Shuriken Junior High, una squadra di velocisti ninja. Il giorno prima della partita, la Raimon si sta allenando cercando di imparare una tecnica molto forte chiamata Ali di Fuoco. Sfortunatamente, anche se Axel e Nathan riescono a crearla, il capitano della Shuriken li stava spiando e quindi durante la partita segna utilizzando proprio Ali di Fuoco. La Raimon però non si arrende e riesce a vincere. Intanto arriva la notizia che la Royal Academy ha perso 10-0 contro la Zeus Junior High, la nuova squadra allenata da Ray Dark dopo che era stato cacciato dalla Royal. La prossima squadra che la Raimon deve affrontare è la Farm Junior High. Questa squadra vanta una difesa imbattibile grazie alla tecnica del suo portiere, chiamata Muraglia Infinita. I giocatori della Raimon sono disperati perché sanno che i loro tiri sono troppo deboli per battere la Muraglia Infinita, ma per fortuna si unisce alla squadra la persona più inaspettata: Jude Sharp. Jude propone alla nuova squadra di imparare una tecnica di tiro abbastanza potente per infrangere la Muraglia Infinita: l'Ariete Inazuma. Mark, Axel e Jude si offrono volontari per creare la nuova tecnica; è una tecnica molto complessa ma dopo un po' di allenamento i tre riescono a crearla. All'inizio nemmeno Mark si fida di Jude, ma dato che con il passare dei giorni sembra sempre più amichevole, sia lui che tutta la squadra imparano a fidarsi. Proprio come ci si aspettava, grazie all'Ariete Inazuma la Raimon vince la partita e va in semifinale, in cui incontrerà la Kirkwood Junior High, l'ex squadra di Axel. È una partita durissima e difficilissima ma la Raimon riesce a trionfare e arriva in finale, in cui dovrà affrontare la Zeus. Ancora prima della partita cominciano i colpi di scena: lo stadio della finale è sospeso in aria. Inoltre, appena comincia la partita la Raimon è in difficoltà, al contrario dei giocatori della Zeus, che nonostante le numerose tecniche usate non sono per niente stanchi. Alla fine del primo tempo il risultato è preoccupante: 3-0 per la Zeus. Alle tre manager della squadra (Celia, Nelly e Silvia) sembra strano che la Zeus non sia ancora stanca e perciò indagano durante l'intervallo, scoprendo che la Zeus imbrogliava usando uno speciale succo chiamato Nettare degli Dei, grazie al quale i giocatori non si stancavano mai. Con questa informazione la Raimon nel secondo tempo ribalta il risultato e vince 4-3. Incredibilmente la Raimon vince il Football Frontier ed è la squadra giovanile più forte di tutto il Giappone.

Il protagonista, Mark Evans, è un abile portiere che gioca per la squadra di calcio della sua scuola media, la Raimon Junior High School, vincitrice dell'ultimo Football Frontier. Il giorno dopo la finale di quest'ultimo, la squadra torna a scuola ma scopre che è stata distrutta dalla Gemini Storm, una squadra di alieni della Alius Academy, una misteriosa organizzazione che allena i propri giocatori ad usare il calcio come strumento per distruggere le scuole. La Gemini Storm invita la Raimon a giocare una partita a calcio per vedere chi è il più forte, e la Raimon perde. Mark e la sua squadra cominciano così il loro viaggio attraverso il Giappone per reclutare nuovi giocatori che aiuteranno la Raimon a sconfiggere l'Alius Academy, spostandosi con l'aiuto dell'ultimo dono della Raimon Junior High School, un furgone chiamato Autobus Inazuma. Si spostano in una nuova città di nome Nara. Lì, nel furgone, scoprono che il primo ministro è stato rapito da dei tipi misteriosi, e mentre lo cercano trovano una squadra di agenti segreti, con capitano una ragazza, Victoria, che li sfida ad una partita di calcio, in cui vincono. Alla fine ritrovano il primo ministro dentro al parlamento; in seguito partono per una città di nome Alpine, per trovare un certo Shawn Froste, che li aiuterà a battere la Alius Academy. Alla fine della partita con la Gemini Storm scoprono l'esistenza di una seconda squadra dell'Alius Academy, la Epsilon. Successivamente la raimon viaggia per tutto il giappone reclutando altri ragazzi, ma tuttavia alcuni dei vecchi membri della raimon devono lasciare la squadra per colpa di infortuni. La raimon riuscirà a battere la Epsilon. Più avanti sfideranno altre squadre come la Diamond Dust la Chaos e la Genesis ma alla fine riusciranno a battere gli alieni e scoprire che non sono alieni ma ragazzi super potenziati. Di ritorno alla Raimon junior high scoprono che tutti i membri della squadra rimasti infortunati sono sotto il controllo della pietra di alius (la stessa che controllava la gemini storm e l'epsilon potenziandone i poteri, mentre la diamond dust la chaos e la genesis erano semplicemente molto potenti) quindi la raimon sfiderà questa squadra chiamata dark emperors e grazie alla forza di volontà di mark riusciranno a riportarli alla normalità.

Tre mesi dopo l'avventura con l'Alius Academy, nasce una nuova squadra: la Inazuma Japan, composta dai giocatori più forti del Giappone, che insieme a squadre di altre nazioni partecipa al torneo Football Frontier International. Dopo le fasi del girone asiatico la Inazuma Japan parte per l'Isola Liocott, dove sfiderà le altre nove squadre più forti del mondo che hanno passato il proprio girone. Tra queste squadre ci sono: la rappresentativa italiana, Orfeo, capitanata da Paolo Bianchi; la rappresentativa argentina, l'impero, capitanata da Thiago Torres; la rappresentativa americana , l'Unicorno, di cui fanno parte Erik Eagle e Bobby Shearer, ex-giocatori della Raimon.